Після зміни влади в Україні внаслідок втечі Президента В. Януковича головою Дніпропетровської обласної державної адміністрації 2 березня 2014 р. було призначено відомого олігарха Ігоря Коломойського, а вже 4 березня 2014 року заступником голови Дніпропетровської обласної державної адміністрації з питань внутрішньої політики став Борис Філатов. Також заступниками голови ОДА стали Святослав Олійник і Геннадій Корбан. 17 квітня 2014 р. у ході російсько-української війни запропонував грошову винагороду за “найманців”, звільнені адміністративні будівлі та зброю.

Восени 2015 року був висунутий партією «УКРОП» (засновниками якої вважаються також І.Коломойський і Г.Корбан) на посаду міського голови Дніпропетровська. У першому турі виборів 25 жовтня посів 2-ге місце, набравши 35,77 % голосів виборців. У другому турі 15 листопада переміг свого опонента, колишнього губернатора О.Вілкула, набравши 52,31 % голосів (184 874) виборців.

У 2018 році Філатов вийшов з партії «УКРОП».

22.11.2020 в результаті перемоги у 2-му турі виборів (78,1% проти 18,8% у Загіда Краснова) залишився міським головою Дніпра.

16 травня 2021 року, за особистим розпорядженням Філатова, над міськрадою м. Дніпра в знак солідарності було піднято державний прапор Ізраїлю. Завдяки децентралізації у місцевих громад після 2014 р. з’явилися значні кошти, що дозволило міській владі за Б.Філатова розпочати ремонти вулиць, дворів, системи вуличного освітлення, зливової каналізації. Фактично було створено парки “Зелений гай” та “Прибережний”, перебудовано пішохідні вулиці О. Поля, Короленка (частково).